קיימים מספר פרוטוקולים לטיפול ב-IVM, אך ככלל ניתן לומר כי מדובר בטיפול קצר, הכולל מעקב אחר התפתחות הזקיקים ובדיקות דם כשלוש פעמים במהלך הטיפול. לקראת היום השמיני או התשיעי למחזור ניתנת זריקה לביוץ, והשאיבה של הזקיקים מתבצעת בסביבות היום העשירי. שאיבת הזקיקים דומה מאוד למה שמתבצע בטיפול הפריה חוץ גופית רגיל, ומבוצע באמצעות מחט המוחדרת דרך הנרתיק, כשהאישה מורדמת בהרדמה כללית. באם מתקבלות ביציות בשלות הן מופרדות ומופרות באותו יום. הביציות הבלתי בשלות עוברות להבשלה בתרבית, הכוללת הורמונים במינון נמוך, למשך 24-48 שעות עד להבשלתן. ברגע שמתקבלות ביציות בשלות, הן מופרות, והעוברים שמתפתחים מהם, מוחזרים לרחם כעבור שלושה ימים, בדומה לטיפול הפריה חוץ גופית רגיל.
יתרונות השיטה כוללים העדר צורך בשימוש בגירוי השחלה על ידי הורמונים, ונגזר מכך, טיפל קצר יותר, עלות טיפול נמוכה יותר, פחות פגיעה באורח החיים במהלך הטיפול, פחות תופעות לוואי, ואין סכנה לגירוי יתר שחלתי. גם אין צורך בהמתנה בין מחזורי הטיפול.